台灣清治時期三大民變:
朱一貴事件(1721-1722), 林爽文事件(1786-1788), 戴潮春事件(1862-1865).
民變事件如下：
1684-蔡機功事件
1696-吳球事件
1701-劉卻事件
1721-朱一貴事件
1731-吳福生事件
1786-林爽文事件
1786-莊大田事件
1792-陳周全、陳光愛事件
1811-高夔事件
1822-朱蔚事件
1824-許尚、楊良斌事件
1832-張丙事件
1841-江見、林旺事件
1843-郭光侯事件
1843-洪協事件
1851-洪紀事件
1853-林恭事件
1862-戴潮春事件
1888-施九緞事件
1684年蔡機功事件
1683年，鄭氏王朝鄭克塽投降清朝。1684年清朝皇帝康熙欽定台灣歸屬福建管轄，台灣清治時期正式開始。為了怕投降清朝的鄭氏王朝叛變，清廷將數萬的舊鄭官員與兵將遷移至山東、山西與河南等三省墾荒，因此17世紀末，台灣漢人銳減，連同「熟番」不到十萬（台灣原住民及未漢化平埔族約六十五萬）。其中，蔡機功因未具官職，因此未被清政府強制遷離。
因為不滿清朝駐台官員強佔鄭氏王國留下田畝等措施（如施琅佔7500甲，陳致遠（清朝）佔2000甲）1684年10月19日，蔡機功召集2000餘漢人，聚集於小岡山（今岡山）附近，準備起事。10月29日，清朝知縣吳英及總兵楊文魁率清朝官兵與平埔族聯軍共2000餘人攻擊岡山。蔡機功兵敗且被殺害。
該事變為清朝民變的第一遭，也是鄭氏王朝最後的武力叛變。另外，這次清朝軍隊與原住民聯軍的平亂模式也成為以後清朝官府平定民變的遵循典範。
1696年吳球事件
發生在台灣的反清事件，由吳球率七人反清復明，但由於過於害怕被殺，後來被清兵帶回北京處死刑。西元1696年，吳球因不滿滿清的暴政，而率眾欲推翻清軍。吳球與自稱明朝皇室後代的朱祐龍感情很深，吳球在當時被稱為大哥，原因是深受朋友的尊敬。吳球與大家推舉朱祐龍為首領，吳球為國師，以反清復明的名義就此展開了，後來還是因為兵力太少，軍力過弱的關係而失敗。
1701年劉卻事件
劉卻（?－1703年）台灣諸羅臭祐莊（今台南白河）人，台灣清代民變起事者之一。劉卻為諸羅臭祐莊人，通拳棒之術，常與四方英雄豪傑往來，立盟結社。於是更進一步盟友就有人提出主張，將如此貪婪腐敗的滿清政府消滅。為達成此目標，大家共推劉卻為首準備起義。
此時在劉卻所住之處所常有紅光出現，眾人認為是紅光是神所顯示指派劉郤來領導的。(據清史所載是劉卻在深夜於劉宅屋頂燃燒樟腦所致。) 同時同盟者傳述是『劉大哥家中每夜紅光燭天。』而劉卻家中的香爐於此時發火，引起眾人深信劉卻是絕對神所指派的。劉卻對武力抗清也有所準備，他先冶煉鐵，製造刀槍兵械。
在一七○一年(康熙四十年)十二月七日，劉卻揚旗擊鼓，率眾攻擊下加苳營(今嘉義縣)，再進步攻奪茅港尾，同時原住民得知劉郤的反清起義，自動也組織起來響應，於是黨眾四處攻擊滿清官吏。地方官員業已掩不住革命的事件，所以不得已暴露管理的無能，滿清政府派來北路參將白道隆率兵抵亂，台灣鎮與福建分巡台灣廈門兵備道兩標並派兵支援，雙方大戰於急水溪，劉卻大敗，陳華、何正皆被官方所捕，而劉卻則藏匿在內山。
劉卻晝伏夜出，往來於北港一帶，雖然劉卻離開家鄉，到生疏的地方，但也能容易的找到反清人士，積極籌備武力起義。不久於一七○三年(康熙四十二年)，又發動第二次起義。然而在同年的二月上旬到秀才莊(金北港)時為官兵突擊被殺，劉卻抗清起義事件被滿清所壓制。
1721年朱一貴事件
朱一貴（1690年－1722年）原名朱祖，台灣府鳳山縣人，祖籍福建省漳州長泰縣，台灣清治時期第一次重大規模民變發動人。朱一貴於康熙二十九年（1690年）生於福建省漳州，康熙五十二年（1713年）隨移民潮移民台灣，年輕時曾任衙役的馬車伕，後為傭工、種田為生，在鴨母寮（今高雄市內門區光興裏）以養鴨為業，為人豪爽好客，有「小孟嘗」、「鴨母王」之稱。
康熙六十年（1721年），鳳山縣知縣出缺，暫由台灣知府王珍兼理，王珍不但在各地徵收極高的糧產，而且把知縣職務交由他二兒子管理，但王珍的兒子利用職權橫徵暴斂，引起普遍不滿。同年台灣當地發生大地震，引起海水大漲潮，民眾為了謝神而合夥請戲班唱戲，王珍竟以「無故結拜」為罪名逮捕40多人，之後又以違反禁令為由逮捕200多名入山砍竹子的民眾，並要求這些民眾繳錢了事，否則要被打40大板，甚至要被驅離台灣。經過一連串的欺壓，朱一貴與其朋友李勇、吳外、吳定瑞等50多人，齊聚內門地區墾首黃殿家，商議結盟對抗王珍。眾人遂推朱一貴為盟主，宣傳他為明代皇帝後裔，高舉「大元帥朱」紅旗號召「反清復明」，於今岡山區附近召集1000餘壯丁，發動革命，下淡水溪檳榔林的客家人領袖 杜 君英（潮州閩南人，隨父親居住在客家莊）響應革命，4月27日大敗岡山清軍，5月4日合作攻下臺灣府城（今台南市），清朝政府官員包括知府王珍紛紛坐船逃往澎湖；響應者有許多是明鄭時期將校武官，攻下臺灣府城後，眾部將擁立朱一貴為「中興王」，於今台南大天后宮登基。朱一貴承襲明朝的制度，國號大明，年號永和，且廢除滿族薙髮令，將旗裝脫下、長辮剪斷，恢復明朝時的服裝及傳統漢人的髮式。
但後來因閩粵內鬨分裂， 杜 君英認為自己功勞較朱一貴大，應由其兒子杜會三當王，導致內鬨， 杜 君英率眾出走，向清朝政府投降。義軍兵力日趨減弱，不到二個月即遭從內地支援的清軍撲滅，清軍亦藉此事徹底掃蕩拔除南明殘餘軍隊，直到雍正元年（1723年）才恢復寧靜；由此可知，當時即便沒有朱一貴在台灣反清，也會有其他人反清。
朱一貴雖為草莽英雄，但識見、氣宇亦有過人之處，被捕時面對平亂之福建水師提督施世驃（收台居鹿港施琅之子，施公案施世綸之弟）、清朝官員藍廷珍，猶昂然自立，自稱孤家，後被解送北京。康熙六十一年（1722年）2月22日，朱一貴、李勇、吳外、陳印、張阿山等人遭淩遲處死，親屬一同罹難。
民間傳說朱一貴死後被玉皇大帝封為「台南州城隍綏靖侯」，在台南市小南門城隍廟被祀為主神。據說朱一貴養鴨於鴨母寮，於今高雄市內門區光興裏內。鴨母寮興安宮供奉朱一貴神位，興安宮在廟前水池中增置朱一貴趕鴨子的塑像。
1731年吳福生事件
吳福生（？－1732年）台灣鳳山人，台灣民變起事者之一。1731年12月，因為土地被漢人所奪，居住於台灣中部大甲地方的平埔族支系拍瀑拉族族民，以軍械武力結合10社2000名原住民起事反抗清廷統治，史稱大甲西社番亂，該事變從該年12月一直延續到隔年春天。
1732年初，於台灣的清廷地方政府，為了弭平該原住民事變，除了研擬廢止漢人移民來台禁止攜眷的政令，也積極從中國福建與台灣南部調兵平變。
1732年1月，駐軍台灣南部鳳山的總兵呂瑞麟奉令率軍至大甲平變，以致鳳山城郡守備鬆散。朱一貴民變的參與者吳福生，趁此「番變」時機起事。2月17日，吳福生與數十名朱一貴舊部會合，並豎「大明得勝」旗。3月29日，吳福生連同其他幾股武裝力量，率眾攻打鳳山城附近的岡山，汛塘，石井汛等地，順利攻佔該地，並研擬進攻台灣鳳山縣城。4月5日，吳福生與清官軍於鳳山城外發生兩天夜戰役，事敗逃亡。同年5月，吳福生被捕並遭清軍殺害。
1786年林爽文事件
台灣清治時期三大民變之一。清乾隆五十一年(1786年) 1月16日因臺灣知府孫景燧取締天地會，逮捕天地會領袖林之叔伯，林爽文率軍劫獄反抗，號稱50萬眾響應，1月18日（ 陰曆11月29日 ）攻下彰化，殺臺灣知府孫景燧，進駐彰化縣署，自稱「盟主大元帥」。1月20日（ 陰曆12月1日 ）北路的王作、李同也率眾響應，殺淡水同知。又向北攻下新竹竹塹城。但是林爽文在新竹與客家人戰爭衝突，衍生義民廟之由來詳見台灣文化。建號「順天」，往南攻打諸羅等地，福建陸路提督署台灣兵備道柴大紀力守。鳳山天地會領袖莊大田亦集眾起兵響應，至2月全台除南部臺灣府、諸羅，中部海港鹿港外均陷落。
抗清初期---閩浙總督常青聞變急派福州將軍恆瑞、福建水師提督黃仕簡和福建陸師提督任承恩率清軍4000人征台，先後收回諸羅縣城、鳳山縣城，不久即於4月23日（ 陰曆3月6日 ）再被莊大田攻佔，雙方形成拉鋸戰。（常青初視師，戰無功，承恩、仕簡以誤軍機坐斬，台灣平，赦出獄；仕簡至狼山鎮（今江蘇省南通市東南海邊）總兵，承恩亦至副將）。 使清廷命常青為督師調並浙江、廣東清軍一萬多人親自渡台，隨後又增加七千人；雙方對峙在台灣府城，此時林爽文率軍反攻諸羅縣城，雙方僵持五個月。
抗清後期---後來清廷又派陝甘總督大學士福康安、參贊大臣海蘭察共率綠營兵8000於12月10日（ 陰曆11月2日 ）自鹿港登臺，上岸後再招台兵6000共14000兵力，與林爽文30000兵力，雙方戰於八卦山。福康安先後收彰化、諸羅。爽文敗走集集、水沙連（今南投縣魚池鄉）等地。1788年2月10日福康安令人說服當地居民於老衢崎（今苗栗縣竹南鎮崎頂裏一帶）生擒林爽文。
此事清廷僅派軍不足4萬，費時一年四個月平定，之後清皇乾隆為了「嘉」獎諸羅義民「義」舉，而將諸羅改名「嘉義」。乾隆將平臺民變一事，列入十全武功。 天地會早先領導、發號司令中樞在台灣；歷經林爽文事件以後，天地會領導權由台灣轉移至中國大陸。
1786年莊大田事件
一七八三年(乾隆四十八年)河洛人的村莊發生「抗清」事件，是基於延續明鄭「反清」的思想，及厭惡滿清派來台官吏「貪汙腐化」，或是「宗教社團作用」。但正史上記載起因於一七八六年(乾隆五十一年)在台灣流傳已久天地會，滿清派駐諸羅縣知縣俞峻知道在中部地方有非法結社行為，下令緝拿「會黨」，而明令凡拏獲會黨，立行杖斃，非常嚴苛。 查拏會黨的兵役因此更藉此公事，四處向無辜者詐索勒索，若不私下給錢，則進一步焚燒民房。林爽文的堂兄弟林泮，住屋為滿清兵丁所焚，不甘受損，及見眾人亦氣滿清之腐化，邀林爽文抗清。同時在屏東也出現了一位令滿清吃足苦頭的抗清台灣民族英雄「莊大田」。
莊大田住在「屏東北平原」中央的屏東縣裏港鄉「裏港大橋」下東面的「篤加莊」。「篤加莊」原為裏港搭樓平埔族「搭樓社」的領地，當年南起九如鄉，北至旗山鎮，東以現裏港鄉鐵店村與武洛社為界，西至高雄縣旗山鎮南勝裏「嶺口崎」均是「搭樓社」活動範圍。而「篤加莊」東北方 一公里 許的「番仔寮莊」因位置更偏僻鄉野，因搭樓社人曾在此建寮供農耕狩獵休息用故稱：「番仔寮莊」。眾所週知滿清對台灣的管轄權是不及於蕃界。所以在原住民的地方滿清官方是根本不處理的。原因很簡單，就是那是外邦之地。也就是外國。 從另一個角度來看，原住民在十八世紀尚有許多土地受到漢人的入侵，並沒有驅逐的動作，因此這種土地成了河洛人偷渡來台的最佳藏匿地區。況且土地肥沃，向平埔族?地耕作。又土地上有充沛的溪流來灌溉，大陸來台的偷渡客將這種地視為藏匿樂土。可是但滿清官員明知滿清政府有蕃界的規定，不可入蕃界，但貪婪的官員將這些「黑戶」視為「肥肉」，不時叫皂役、地保前來勒索，以飽私囊，並且需索無度，居民辛苦一年代價常化為烏有。因此莊大田族弟莊大韭一聽到林爽文高舉反清義旗，急急忙忙力邀莊大田一同加入反清義舉。
一七八六年(清乾隆五十一年)「鳳山縣采訪冊」兵事篇如此記載： 十一月廿七日 彰化林爽文反清，南路莊大田，篤加社在裏港塔樓社北。篤加港距番仔寮數裏許，與下淡水左右之三腳寮、泠氣阬、姑婆寮(以上在大樹鄉)、三角窟(目前旗山鎮南勝裏，均位於楠梓仙溪畔)皆是反清大基地。
莊大田出生在福建省漳州平和，乾隆七年隨父渡台，起初住在諸羅縣(轄現雲、嘉及台南縣近山地區)，父死遷居鳳山篤加地方，因勤於耕種，家道小康。「番仔寮」(現屏東縣裏港鄉土庫村東北方，已廢莊)，莊大田為人四海豪氣，主動對居民提出各種接濟，因此「番仔寮」住民對莊大田有形無形中業已成為領導者，「番仔寮」的住民也變成為其效命之主力軍。
起義時，莊大田與族弟大韭、大麥結盟廿餘人，推莊大田為首，宰牛歃血，南台灣地方豪傑莊錫舍、王阮郭、簡天德、許光麥、李惠其、尤著等人陸續加入。沒有幾天即有千人來參加，莊大田出資造軍器，又購買布匹製成軍旗，旗上寫著：「南路輔國大元帥」。南路是指天地會南路之意，與林爽文所立的「順天大元帥」南北相呼應，但兩者並沒有隸屬關係。地方人士一致推舉莊大田為共主，這個農民部隊初成立，躲過嶺口崎(旗山轄)、土地公崎(大樹鄉境)清軍塘汛兵的耳目，往鳳山縣城。
於一七八六年(乾隆五十一年)十二月十三日大隊人馬在楠梓集結完畢，出兵進攻鳳山縣城，清軍南路營參將瑚圖裏(又名胡圖裏)率三百兵守北門，見莊大田數千兵馬湧至，清軍一如往常，在胡圖裏以下不戰而逃，民軍即時入城殺知縣．湯大紳，典史．史謙等文武官員。及千總丁得秋、把總許得陞、外委唐宗保和王朝桂等人均受台灣人殺之，莊大田部隊攻入鳳山城。這場首戰就如此輕易成功，眾人十分高興。同時，在琅喬的開拓農民知莊大田起義成功也舉竿起義，而佔領清軍衙門。
十二月廿九日，台灣道李永福、同知楊廷理，這些滿清官員依據朱一貴時得到寶貴經驗，就是將台灣本地人分化所以遣人赴下淡水招集親滿清義民，以對抗革命起義民兵並來捍衛府城。 而莊大田遣部將塗達元、張載伯等也到各處積極召兵買馬，同晟也前去粵莊招攬客家人，客家人有一觀念即是不認為是本地人，而是客人，所以不與和洛人合作，並殺塗達元、張載伯。受到分化的客籍人士齊集忠義亭，全部向滿清效忠，一時也忘了自已在滿清的貪官下受盡迫害，但是又想到滿清將可提供官職、銀兩、撫卹、祀典、免租稅、建忠義亭、及頒匾表揚等等，忘了大局，自甘為奴投向滿清，並選壯丁八千餘人，以曾中立為主領隊，受滿清台灣道李永福的信件，即前往府城支援滿清守府城。
一月十九日由鳳山縣城逃脫的鳳山縣書院教長葉夢苓、訓導陳龍池攜眷至陂頭(鳳山市)並招集義民，莊部知道予以攻擊，葉夢苓被戮。林爽文遣人邀請莊大田，共同圍攻台南府城，海防同知楊廷理兼任府事，急調粵莊客家親滿清義民軍救援，並十萬火急奏報朝廷，福建總督常青聞訊，由內地調集徵兵共一萬餘人渡海。一七八七年(乾隆五十二年)一月七日莊、林民軍結合圍攻台南府城失利，林爽文北走，莊大田退屯大岡山。 一月十六日 水師提督黃仕簡囑總兵郝壯猷率兵南下， 一月十九日 進軍大湖時遭莊大田抵抗，清軍遭挫敗，復派鄭嵩率水師由台南走海道由高雄打鼓山登岸，統攻鳳山之南，企圖斷莊大田後路。
二月十四日 莊大田退橋仔頭(現高雄縣橋頭鄉)， 二月十七日 清軍攻進岡山，莊大田的起義民軍經楠梓退回番仔寮，部隊重新整頓。郝壯猷於 二月廿二日 才收復鳳山縣城(位於現左營)。一七八七年(乾隆五十二年)二月廿三日滿清參將瑚圖裏奉令率領南路福寧兵六百人赴下淡水，會合下淡水都司(都司營在目前的屏東縣鹽埔鄉隘寮村)邵振綱率兵三百人，攻往北方番仔寮勦莊大田，瑚圖裏懼戰，一直沒有進兵，數日株守無功。於是總兵郝壯猷檄令仍回鳳山，瑚圖裏回至新園、萬丹時受莊大田部下阻擋，瑚圖裏行走硫磺溪，遭民軍橫截，雙方激戰，清軍千總徐景元以下十五名官員被殺，兵丁死者千人，下淡水溪溪水為之變色，瑚圖裏逃至粵莊受粵民保護，滯留至莊大田戰敗。
三月六日莊大田部莊錫舍復率民軍三千人再攻鳳山營盤， 三月八日 莊大田另率大隊趕至，合力攻城；總兵郝壯猷望見城外龜山頂火起，即單騎從西門出，其他官兵聞主帥遁，皆潰，皆出萬丹港(現左營軍港)奪船逃回郡城。
三月九日已升湖廣總督的常青聞鳳山縣又陷，又向清庭請准調浙、粵兵七千人渡海攻台。 三月廿三日 莊大田得到林爽文部暨大武隴、南雅仙另一股民軍首領許尚支援，三方合力又攻台南府城小南門，維時，粵莊義民、清軍將士兵萬人，數日已顯無法抵擋民軍，皆逃至海口。在此緊要關頭，南路民軍第二號人物莊錫舍突反向倒戈，向常青請降。錫舍倒戈降單騎入見滿清主帥常青。常青大喜，立刻給與六品頂戴，賞帑 二百兩 ，令出城助戰。莊大田得知十分驚訝，急收軍回南潭。林永亦去，台南之圍功敗垂成，滿清因此保得住台南城。
莊錫舍，泉州晉江人，渡台，家居鳳山縣陂頭莊(現鳳山市)，而莊大田是漳州人，林爽文起義時，莊大田在南部糾集漳人，莊錫舍糾合泉人，其勢相埒。繼而推莊大田為主，凡號令由莊大田出。台灣道李永福得知兩人的關係後，即以漳、泉不和的因素加以分化，即囑莊錫舍在台灣道任職之親戚以書召降，莊鍚舍在情緒不滿時加上利誘之下投降。而莊錫舍也忘了反清大局，甘願為奴。
莊大田自三月底，兵居南潭，而圍台南府城後，清軍將軍常青至 五月十二日 才獲得大量由浙、粵調來援軍，立即向南潭進兵，莊大田失掉莊錫舍的支持，兵力大損，但莊大田的最得力助手金娘(下淡水平埔族人)及金娘的幫手林紅雙雙被捕，金娘因會法術，民軍尊重為「仙姑」，每出兵必授予符咒助陣。金娘原為莊錫舍之軍師，攻鳳山縣城居首功，被莊大田封為「一品柱國夫人」。 五月十二日 ，常青將兵三千，自伐南潭。莊大田已去。莊錫舍捉住林紅、金娘獻給滿清官員。金娘、林紅被捕後，則被送往北京，林紅，其男妾也。皆戮於北京，在北京受刑死。
五月十五日將軍常青集結將弁四百廿七員，滿漢徵兵五千五百人，再攻南潭，民軍兵分三路迎戰，雙方激戰至 五月廿七日 仍不分勝負。 五月廿七日 港西裏(現在的屏東東港溪以北至美濃、六龜)南路義首粵莊許廷耀(港西裏廣安莊人)風聞郡城圍急，出資招募崙仔頂、鹽洲、中洲仔、菅林內、北勢頭、磚仔窯(以上均在現在屏東市海豐附近村莊)六莊民眾得知莊大田軍力大損，所以立即組親滿清粵民三千餘人，肅立起「大清」旗號，稱「義民」，自動向滿清靠攏。並擇於 九月二十七日 祭旗啟行，表現出靠攏滿清的誠意，向莊大田部隊殺去。廿九日至郡，與莊大田部在桶盤棧(台南市南方)交戰，莊大田部大敗。莊大田背腹受敵，前有清軍，後有台奸滿清義民軍，不得已退回下淡水，謀攻客籍六莊基地。於 十月一日 舉事，眾親滿清義民聞知基地將受攻擊，向滿清政府要求協助，但滿清政府一如往常置之不理，眾所週知滿清的將領對上級的命令就常不遵守，況且這次不是上級的要求，而是一群來向滿清邀功的群眾，如何信得過，也就明白講不支援。所以親滿清粵民，一時焦急，只得自立救濟，乘夜抽兵回救，至菅林內，東方已白，親滿清粵民之義民一夜無眠，又聞基地已被屠莊大田軍戮殺，飢寒交迫，無心戀戰，途至磚仔窯(現高樹鄉境)淡水溪邊，正面與莊大田軍對戰，莊大田軍以逸待勞，展開一場大截殺，親滿清粵民之義軍十覆其九，時為一七八七年(乾隆五十二年)十月二日。
親滿清的粵民愛恨交加，不知心恨誰。在此有李白之詩一首，或可對當時客籍人士，不去將殖民統治者反抗，也不中立，反而向為台灣本地人爭取自主的人橫加殺伐，如今受到現世報，其心境之形容。
一七八七年(乾隆五十二年)十一月一日，滿清加派協辦大學士福康安親率貴州、廣西、四川等省萬餘精兵由鹿港入台，到這個時候，滿清派來台灣的部隊，加上原駐台軍力，及從澎湖調來的，已經是林爽文、莊大田起義時在台灣抗清原有軍力的十倍。
一六八七年(乾隆五十二年)十一月廿五日福康安進攻大裏戈(現台中市)，造成「直搗林爽文的巢穴」假像，而其實將主力部隊南下解諸羅之圍。幾次激戰後，至隔年一月四日林爽文部嚐到敗仗被捕，中部抗清革命軍瓦解。
二月十日，海參贊親率巴圖魯侍衛和親滿義民軍，隨同官兵南下進剿莊大田率領的軍隊，此時莊大田對圍台南府城已有數月之久。滿清台灣縣令王露採取心戰戰術，對待莊大田的部隊用「善意呼喚」，一時花言巧語將莊大田的要員李茂、謝檜山相繼投降，部隊十散六、七之下而潰，莊大田率餘部於廿三日交戰於東港，廿四日交戰水底寮，莊大田敗戰，率軍往琅橋、楓港等處聚集。廿八日，海參贊統兵下琅橋，兵分二路，一路由水路進攻，一路由山路追殺，莊大田部隊大部份被消滅，血染沿海。
三月五日早晨，莊大田、簡天德、林進等三人潛至海邊，欲捨船逃離台灣，為官兵、粵民所圍，三人束手就擒， 三月十日 ，海參贊再率各路大軍掃蕩琅橋「全面清鄉」，一七八八年(乾隆五十三年)六月間訪獲莊大田幼子莊天畏。林爽文和莊大田的抗清戰爭，總共歷時一年四個月至此結束，台灣人民反清革命此時停止了。
1792年陳周全、陳光愛事件
陳周全（1713－1795年），又名陳周，本籍中國福建同安的台灣人，他於18世紀末於台灣發動民變。陳周全為1790年代的台灣天地會首領。1792年，前往福建同安起事，事敗之後，連同殘餘兵力返回台灣。同年，陳周全偕同陳光愛等天地會人員攻擊鳳山縣署，再敗後則逃離鳳山，藏匿於彰化。
1795年2月左右，因為林爽文事件剛熄，加上中國大陸商賈持續搜購米糧，致使彰化一帶米價十分昂貴。不久，彰化地區發生搶糧動亂，雖官府派兵平定，但仍未能平定民怨。同年三月，陳周全結合三千餘人趁機起事。3月10日，主要成員為天地會會員的該武裝部隊攻佔鹿港，殺死駐守鹿港的清朝官員。3月13日，陳周全圍攻八卦山及彰化城，並於兩日後攻下彰化。不過該部隊之後的南下攻打鬥六，並沒有獲得勝利。
3月18日台灣道楊廷理帶兵前往鬥六，順利解除鬥六的圍城危機，隨後楊廷理攻下彰化與鹿港兩地。陳周全亦在這場戰役中被捕，不久即遭清朝殺害。
1811年高夔事件
高夔 (音魁)，淡水內港人。在漳泉械鬥(一八○九年)在淡水之漳泉分類械鬥，剛平息不久，民眾尚未平復情緒時，準備起事，便集合了百名徒眾，在六月上旬，與族人高姣在柑園準備以武力抗清起事，卻被艋舺縣丞簡清瀚知道，同都司莊秉元率兵前往圍捕。高夔等逃至八連港﹝石碇鄉﹞五指山，自立為王，月餘即為知府汪楠和同知查廷華率大軍攻山，不幸高夔等戰敗於六月被補，最後被處磔 (音折)刑。
1822年朱蔚事件
發生於1822年，淡水人因姓朱所以藉姓氏之便自稱明室後裔，從淡水潛入噶瑪蘭(宜蘭)號召民眾反清起義。因清在台官員腐朽不堪，所以很容易一呼百應。台灣鎮總兵官觀喜派兵前去鎮壓，逮捕到朱蔚，並將其處死。對漢人潛入噶瑪蘭的遊民，皆驅逐至淡水，遞交艋舺縣丞衙門，由八裏坌配渡出境，如此鎮壓。
1824年許尚楊良斌事件
楊良斌（？－1824年），台灣鳳山人，清代民變領袖之一。1824年秋天，楊良斌與許尚以高雄打鼓山（今 壽山）山鳴自然異象與知府方傳穟貪汙為由起事。在攻擊駐鼓山清勇戰役中，主事者之一許尚被捕。
許尚被捕後，楊良斌整軍後，從山後入鳳山附近的埤頭黃梨山並結合平埔族通事與地方鄉勇，預計10月24日再度起事，並將攻擊目標定為台灣縣治的鳳山城。10月22日，楊良斌黨眾因事發搶先起事。該晚，楊良斌結合數百名武裝兵力分西北兩路攻擊鳳山縣治，並突破城外駐軍攻佔縣署衙門，形成圍城之勢。
10月26日，清守軍方傳穟拒絕幕僚棄城建議，並由總兵趙裕福領四百餘名攻擊楊良斌所領鄉勇。雖楊良斌與清官軍互有攻防，但知官軍奧援已至，楊良斌率其殘部轉攻彰化。後因事敗被捕殺。
1832年張丙事件
張丙（？－1833年）台灣台南店仔口人（今白河鎮）。台灣清治時期民變領袖。張丙祖籍福建漳州南靖梅林坎下，其祖父於乾隆年間移居台灣嘉義縣店仔口莊(今台南白河鎮白河裡及永安裏)。
1832年夏天大旱加上清廷的台灣嘉義知縣邵用之治事無方，作為農民領袖的張丙於是在同年10月「豎旗起義」，佔領台南縣大部分縣市與雲林鬥六門（今鬥六）一帶，建國號為天運，自立為開國大元帥，期間並聚集數萬名的兵力，強攻鹽水港，並在此役造成清廷知府呂志恆，把總朱國珍，副將周承恩等人死亡。
因當時清廷治台不力，張丙一起，鳳山與彰化各有許成與黃城率眾反抗官府。不過因為張丙久攻嘉義不下，加上王得祿，劉廷斌等人反制，致使動亂漸平。同年12月，張丙及其部屬因事敗被捕，隔年1月，張丙連同數百名部屬遭清廷殺害，至此歷經3個月的張丙事件，終告落幕。
1841年江見、林旺事件
適有英船 至臺北雞籠，與滿清官兵接仗，嘉義縣民江見、林旺等人於一八四一年(道光二十一年)九月武裝起事，與林旺、張缺嘴及在逃之劉九宰，商謀各糾夥黨，分為四支武力，定於九月十五夜豎旗。但在九月十四日晚上有滿清參將巡至店仔口地方住宿，江見知事已敗露，即與林旺、張缺嘴、劉九宰改謀先攻營縣公寓，一經得手，則縣城可不攻自破。隨于十五日黎明，率領革命起義黨員二百餘人，鳴鼓搖旗，前往攻撲。計畫先攻灣裡街，攻下後再攻縣城，但是進攻灣裡卻失敗。
江見之兄江坡原本即被滿清囚住，臺灣知府熊一本恐其在監內應，下游該縣魏彥儀於大兵未到之先，提出杖斃，以絕賊望。將在城內的要犯，由達洪阿親自提勘驗明後，即在軍前分別淩遲斬決。詎南路鳳山縣於十月初七夜革命抗清人士多人，在觀音岩地方豎立反清大旗，攻撲竿林汛營房。該地滿清官員鍾孝臣，所率清兵無法抵禦，被砍重傷而亡。
臺灣鎮總兵官達洪阿隨即親率兵與革命黨人戰鬥，不幸江見、林旺等人兵敗被滿清軍所捕。此外，並繼續搜捕餘黨，生擒在南路回應之吳慈。
1843年郭光侯事件
滿清在臺灣的政府把地賦從本色(穀納制)改為改折(折銀納殼制)時，(貪官以譎詐來剝削本地人所以起來反抗的，就是郭光侯起義事件。郭光侯抗清起義抗事件，是發生在一八四三年(道光二十三年)，這次的抗清，是一項典型的例子，滿清汙官為了私利，加在臺灣人身上的剝削，引起臺灣農民的反抗。
滿清在台的田賦，內地以米，臺灣以穀，內地可以折銀，臺灣不得折銀，這是因為，臺灣是產米之地，福建一帶所需的軍糧，要由盛產米的臺灣來接濟。但是海上交通時有阻滯，以致積穀漸多，於是米價日賤。所以為了官員的私利，各地縣官，有的下令農戶以現銀來繳，於是破壞了前例，開始施行納銀及納穀雙行制度。又因為折算金額，是由縣官自已任意訂定。眾貪官們將每次銀額都比穀價定得較高，於是得以從中漁利，以銀買米，解往司庫，以其所餘而肥私腹，這是貪汙成性的滿清官員，若不貪則有若本身的權益受損。因此向廣大的農民下令加賦，如此納戶負擔漸重，生活日困。況且，各地賦額不一，臺灣縣下，開發最早，凡有田園，均要，改納銀額，此外扔要輸納耗羨，平余，勻丁等等雜課，所以越感負擔奇重。
最初穀賤改作納銀，僅定輸谷一石，納六八銀 一元，或為七二銀一元。如此貪官們食髓知味，到了道光初年，洋煙洋米，源源而來，台米的銷路阻塞。因而穀賤，貪官們絕不因穀價降低而將折色相對降低。反而改為每石納銀三元，納戶無法負擔這麼重無理的稅負。 一八四三年(道光二十三年)臺灣道熊一本，臺灣縣閻炘，將銀額提高，納谷每石改征六八銀三元，或三元半。至此，臺灣縣下的納戶，不勝負擔，群情洶洶，不可終日。
百年前在一七三一年(雍正九年)對臺灣的納穀有如下的記錄，福建總督劉世明上奏請求將臺灣的田賦比照福建省同安縣的標準辦理，「上則田」每甲每年征九錢三分多銀子。(因為臺灣計甲，同安計畝，所以折算結果有零數)。中國貨幣既為銀本位制，所以百年來並無貶值的問題。
一八四三年(道光二十四年)三月，臺灣縣開徵下芒之租，知縣閻炘諭令納戶照期以現銀繳清，於是縣下十九裡二莊的莊民，互相觀望，逡巡不納。糧總季捷升通知知縣。知縣閻炘遂檄典史率役，出城迫促，到處勒索供帳，富家驚惶走避，則拘貧民撻伐示儆。時有郡人許東燦為官方的走狗，常出入於衙署，欺壓人民，也隨聲命令納戶改繳現銀，納戶以前無例，決定仍舊以穀繳納，於是各裡納戶聚議，于大人廟境，共推保西裡富農葉周、劉取、餘潮為首。運穀前赴小東門內右營埔縣倉繳納，一時牛車銜尾接首，充斥路上，知縣閻炘聞報，令胥吏拒收谷石，農民有誠意納穀，而官方堅持為私利而強要收現銀。農民無法將穀納稅，也根本繳不出現銀。於是一幕人間慘劇上演，反正繳不出現銀，若滿清官方能收下谷尚有活命的機會。於是大家紛紛各自把穀遺置於路傍，因此，積穀如山，充塞東門內外。
知縣閻炘得知農民將穀來繳，不將現銀繳付，十分惱怒，自己的私利因而受損，所以決定嚴懲抗命，官符一下，皂隸四出，拘捕業戶農民。葉周、劉取、餘潮目睹此狀，忍無可忍，遂聚議以暴抗暴，使人乘夜毆殺皂隸。但是走狗本色的許東燦也乘機，命令胞弟東寮帶領僕役，下鄉圍捕抗命納戶，送縣嚴治。因此，風聲鶴唳，縣下各鄉亂成一片，民心激昂，洶洶欲變，相繼奔往郭光侯家哀籲。
郭光侯是保西裡人，本名嵩高，臺灣縣武生。為十九裡二莊的納戶，在大人廟聚議時，即已參與其會，因此，知縣閻炘亦曾派役捕他，因為郭光侯聞風已先逃避，僅捕其族親一人，由東門回城，解至嶽帝廟糖商郭吼先店鋪前，因郭吼先和郭光侯，素屬知交，郭光侯的族親，大呼其名，屬他報告光侯。適葉方、葉煥，來台寓於樂善堂巷，購物途經其地，聞呼異而詰問捕吏，有無信票(拘票)？捕吏答以信票放在班頭之處，正在東門外草店尾吸食阿片未來，葉方、葉煥二人，遂責以不帶信票，妄自捕人，揮動手裡煙杆擊之。捕吏驚惶逃跑，郭光侯的族親，也乘機而竄。
四月初一日，郭光侯一行，連袂進城，鄉民聞訊，不約而會者數百人，隨後鼓噪而進。將近東門，城兵疑為民變，急將城門關閉馳報守備。城內文武官員聞警，先先後後，趕到東門，詰問其故，鄉民各自哭訴納銀之苦，文武官員喝令鄉民暫散，請示上峰再議。鄉民不從，自辰至午，越聚越多，數逾數千。
臺灣道熊一本接報，一時震動，臺灣道因變起倉卒，也束手無策，始議收回將納穀改為現銀的成命，而由許東燦轉告農民，農民始紛紛散去。原本此案應就此結束，但是滿清官員並不願就此甘休，以北門外木柵莊人黃號豎立反清旗幟為藉口，飛稟福建督撫，懸捕郭光侯，要以糾眾圍城之罪治之。
郭光侯見這些不可理喻的滿清官員，所以採取偷渡出臺灣，當時海上的交通，除掉官船從事糧運而外，天津安平之間，都是利用三郊的商船。但是，港口的檢查非常嚴格，要從保西裡潛至安平，既不容易，要從安平偷渡出港，尤覺困難。郭光侯纔和他的朋友李某密商，潛渡之計。因為李某有一胞弟，在大西門外經營糖郊，遂利用他到保西裡收購產糖的時侯，潛藏在大糖簍裡，和收購的糖一併裝上牛車，運至安平，再由安平搬運入船，潛渡天津。先在天津調查叩閣的途徑。
當時漳泉人多數在天津從事貿易，知道底細，大表同情教他往訴禦史陳慶鏞，於是郭光侯始上北京去求見他。陳慶鏞是泉州府晉江縣人，八月二十五日，郭光侯在晉江會館拜見他，陳始未。陳慶鋪深為憐憫，上疏代為伸冤，郭光侯雖力爭無反意，但因聚眾抗官，難辭其咎，被刑處流刑。事後，臺灣的正供，依然堅持由穀改改為納銀，並規定每石折算六八銀二元，唯鳳山縣下折算二元二角。
1843年洪協事件
洪協（？－1843年），臺灣嘉義人，臺灣清治時期民變領袖。清代臺灣俗稱羅漢腳的遊民充斥，常有遊民以反清抗官名義起事。
1843年10月遊民之一洪協自稱總元帥，聚遊民3、400人攻擊台南縣境的汛塘（ 軍事據點）。該群遊民，殺害駐軍後，獲得部分武器並集眾于大穆降（今台南縣新化鎮）準備屯軍與清兵長期對抗。10月15日，臺灣鎮的臺灣總兵昌伊蘇率軍隊前往圍剿，洪協兵敗被捕殺。
這事件比較特殊的是，洪協民變起事同時，地方仕紳郭洸侯于也於臺灣台南發起數千人規模的地方抗糧（抗稅）非武力起事。雖洪協曾邀其共同會合起事，不過遭郭拒絕。不料事後臺灣知縣與總兵昌伊蘇等未詳究，就向清廷偽報郭洸侯參與叛逆。導致郭洸侯遭緝。
事後，郭洸侯逃至中國北京，並委由禦史陳慶鏞上奏其實情，清宣宗命軍機大臣查明後，發現真是昌伊蘇等人辦事草率，遂將昌伊蘇降三級留任，又不准其用軍功、紀錄等抵銷。
1851年洪紀事件
洪紀（？－1852年），臺灣嘉義人，臺灣清治時期民變領袖。清代臺灣俗稱羅漢腳的遊民充斥，常有遊民以反清抗官名義起事。1851年12月遊民之一洪紀自稱總統帥，聚遊民數千人準備攻擊嘉義台南交界的官佃（今官田）。該集團另以吳仰一為元帥，李兆基，胡枝梅等人為先鋒軍師等，以紅布為號，並集結當地遊民數千人，並分成四大股首，攻擊官田。該動亂約十五天，經臺灣鎮總兵葉紹春平定。
1853年林恭事件
林恭（？－1853年），臺灣鳳山人，臺灣清治時期民變起事領袖。1853年，定都南京的太平天國軍隊攻佔中國漳州泉州，清朝漸漸失去中國閩南地區的控制權。臺灣地區也先後發生遊民與地方鄉勇的小型抗官事件，如李石與林恭事件。
1853年4月，李石以聲援太平天國的「興漢滅滿」為由，聚眾攻擊灣裡街（今台南縣善化鎮），並殺死臺灣知縣高鴻飛。
從軍於鳳山縣署的壯勇林恭，聽聞此事變後，因與知縣王廷幹不合，於是在4月28日，北路的張古，羅阿沙及棕等準備發起武裝革命，林恭連同不滿王廷幹的鳳山縣民，在義首林萬掌的協助下，順利攻入鳳山縣城之內攻下鳳山城，並殺死知縣王廷幹。佔領鳳山城之後，林恭被擁立為縣令。
林恭攻下鳳山后，於5月2日攻擊台南城，不過遭到清官軍抵抗。6月2日，清軍與林恭於二層行溪（今台南縣仁德鄉）與新園鄉交戰，林恭敗退鳳山。5月7日清軍連同內應攻佔鳳山城，不過林恭卻轉進距鳳山不遠的東港，打算長期佔據。因清軍無能力攻破東港，佔據東港的林恭一直到該年7月27日才被叛變的陣中將領「綁縛交官」。之後不久，林恭連同之前佔領灣裡街的李石，一同被官府所斬。
1862年戴潮春事件
或作「戴萬生事件」。臺灣清治時期三大民變之一，也是時間最久者，自1862年起事至1865年平定，共歷時四年多。事件起因乃官府鎮壓天地會所致，影響範圍北至大甲，南至嘉義，遍佈整個臺灣中部。雖然起事者為戴潮春，但與事者中包含各地土豪，其中以林日成、洪欉等最有勢力。
由於當時清廷正與太平天國交戰，無力理會臺灣民變，加上參與事件者包含各地大小土豪，在起事當地頗具影響力，因此初期清朝僅能依靠霧峰林家等土豪鄉勇勢力抵抗。直到1863年丁曰健與林文察相繼赴台平定後，戰情才急轉直下，於1865年初結束。戴潮春事件之後，霧峰林家因平定有功，一躍而成為中臺灣最有勢力的家族，但也種下日後官府與林家之間仇恨的種子。
戴潮春，表字萬生。原為臺灣清治時期彰化縣四張犁（今台中市北屯區）一帶的地主，曾擔任過北路協稿識等職務，但因被長官勒索未果，而被辭退職位，並繼承兄長戴萬桂的家長地位，以及其所成立的土地公會和八卦會，並將這些組織加以擴張而成為天地會的分支，同時協助官府緝捕盜匪而得到官方認同，使其成為戴家擁有的私人武力。
但戴潮春勢力發展過於快速，且陸續傳出成員搶奪掠殺的消息，因而令官府決定鎮壓戴潮春勢力。1862年4月3日，臺灣兵備道孔昭慈抵達彰化，捕殺八卦會總理洪氏，並命曾任彰化知縣的淡水廳同知秋曰覲前來協助掃蕩，於是秋曰靚帶領600名官兵之外，另外招募林奠國與四塊厝林日成各率400人支持掃蕩，然而4月15日掃蕩部隊在大墩與數千天地會黨人作戰時，林日成臨陣倒戈，當場擊殺秋曰靚，而林奠國見局勢不利，決定退回阿罩霧莊（今台中縣霧峰鄉）自保。
於是，八卦會頓時坐大，身為會首的戴潮春騎虎難下，只得於4月16日率八卦會黨人圍攻彰化縣城，並從八卦山以大炮轟城。這時城內僅有三百多名老弱兵，而勇首施九挺前往鹿港徵召鄉勇失利，城內從此無援可求。4月18日，城內奸細打開城門，戴氏於鼓樂之中騎馬入城，孔昭慈則因外援始終未到，旋即服藥自殺，夏汝賢等大小官員則紛紛被殺。
彰化縣城失守後，南臺灣各民間勢力紛紛起事，而中臺灣大小土豪，如小埔心（今彰化縣埤頭鄉）陳弄、北勢楠（今南投縣草屯鎮）洪欉、嘉義縣嚴辦、以及鳳山縣徐夏老、淡水廳王九螺等紛紛加入戴潮春陣營，各地支持股首更是達上千，而他也論功行賞，除自封為東王外，封林日成、陳弄與洪欉為南王、西王與北王，設置大將軍等官位，安撫百姓，儼然自成一國，且控有幾乎全部的臺灣中部與北臺灣部分區域。
由於福建向來靠臺灣接濟米糧，事件爆發後臺米上漲，福建頓時陷入斷糧危機。於是，閩浙總督慶瑞緊急派遣福甯鎮總兵曾玉明渡海來台，召集台勇平定戰事，另外命臺灣鎮總兵林向榮自西螺出兵作戰。另一方面，臺灣府知府洪敏琛緊急成立籌防局應對事變，並向外國洋行籌借十五萬兩銀作為軍費，並以關稅抵還。
4月28日，戴軍西王林日成為了替族人林媽盛報仇，率領三萬多人截斷阿罩霧莊的水源，打算一舉消滅前厝林家（即霧峰林家）。這時，林家因多數家勇跟隨林文察與林文明赴浙江作戰，莊中只有72名壯丁。但在林文鳳指揮下，林家人靠著大炮等強大火力予以還擊，隨即展開三天的激烈攻防戰。期間，林家莊宅幾乎失守，但林家家人日夜死守，加上翁仔社〔今台中縣豐原市翁子〕羅冠英與東勢角客家人分別派出援人支持，林家與五百多名援軍突襲林日成陣中，擊殺敵軍數百人，一舉擊退林日成軍。
同時，林向榮率領2200名（一說為3000名）士兵駐紮嘉義，並於4月28日擊退戴軍。之後清軍出城，在坊牌與戴彩龍率領的戴軍一萬多人於八掌溪兩畔對峙。由於戴軍由白沙墩包抄，一舉截斷清軍後路，導致清軍前後受敵，部分將士溺死河中，直到後來使用大炮突襲，一舉逆轉戰事，反敗為勝。
另一方面，戴軍西王陳弄率軍攻打鹿港，以獲取財貨。但由於鹿港城居民多為泉州人，而戴潮春起事後又大肆屠殺泉州人家莊，因此鹿港居民在黃季忠、蔡馬湖、林清源等士紳領導下極力抵抗，而勇首施九挺也招募600名鄉勇協助抵抗，經過三天大戰後終於擊退戴軍。
六月，掌管臺灣北部軍務的鹽運使林占梅派蔡宇等人突襲大甲城東門，一舉收復該城。而戴軍的王和尚則于6月2日率軍圍攻大甲城，並斷絕城中飲水。於是城民請貞婦余林氏祈雨，而當天果然下起雨來，頓時解除城中水問題。6月9日，代理淡水廳職務的張世英與千總曾捷步、把總周長桂以及翁仔社勇首羅冠英率軍支持，加上大安港黃氏的協助，一舉擊退戴軍。但6月17日，王和尚再度領軍圍城，並再次截斷城中水源。這次居民又請余林氏祈雨，當天也再度將下甘霖。於是在張世英指揮下，城中清軍出城迎擊，再度擊退戴軍。
6月7日，洪敏琛升為臺灣兵備道，統籌全部戰事。6月9日，提督曾玉明率領600名兵力抵達鹿港。然而，清軍軍費卻在押解途中于安溪寮遭遇戴軍，清軍大敗潰散，千總龔朝俊與澎湖副將陳國詮等人戰死，軍營器械經費全被奪走。而同時，林日成進駐彰化城，戴潮春退回四張犁，之後戴軍陸續攻打嘉義、白沙坑等地，但皆被清軍擊退，而清軍雖陸續有曾玉明擴兵400人、台勇1000人助戰，但也難有斬獲，雙方於是陷入對峙之中。
八月與九月間，林文明率領1000名台勇請假回臺灣助戰，戰事產生變化。他于外新莊、阿罩霧莊（今台中市、霧峰鄉一帶）、大裡杙等地與戴軍展開激戰，擊退戴潮春軍，然後轉自翁仔社（今台中豐原市），與當地勇首羅冠英合作，合力掃蕩石岡仔、葫蘆墩等地的戴軍，然而此戰後，林文明以彈藥不足為由，返回阿罩霧。經多次催促後，善後總局補發火藥4000斤、子彈2000斤，而林文明於1863年1月29日再度呈請福建巡撫徐宗幹補發積欠的安家銀19000兩與口糧費銀10000兩，但這些錢始終未撥款下來·
1862年11月23日，林文明率300兵勇攻打樹湳，最後於1863年4月11日派叔叔林奠國率領600名台勇，與羅桂英等人攻入戴潮春老家四張犁，經過七天激戰受攻克該地。但由於軍費仍未解決，林文明再度停止進攻。至此戰事再度陷入膠著。
就在林文明于北路有所斬獲時，清軍卻于南路遭到挫敗：臺灣鎮總兵林向榮與臺灣水師副將林國忠於七月前去救援鬥六城，但反遭嚴辦、陳弄等人率數萬戴軍圍困；10月29日戴軍攻破圍困許久的鬥六城，林向榮自殺，林國忠等大小將領分分戰死。戴軍佔領鬥六後，駐紮彰化城內的林日成於12月20日發軍圍攻大甲，與清軍大戰於城外，由於清軍人數有限，雖有羅冠英率義勇救援，仍敗退回城。這次戴軍與前兩次一樣截斷城中水源，而大甲城居民三度請余林氏祈雨，天空隨即降下甘霖，不久戴軍撤退，林日成亦退回四塊厝莊。來年1月，臺灣水師提督吳鴻源率領3000名清軍増援，並進駐鹽水。
1864年3月19日，吳鴻源發動猛攻，直攻到嘉義城外，與城內守將湯得升裡外夾擊，擊退圍城多日的陳弄軍。6月，吳鴻源因不肯遵守指令發動攻擊，被洪敏琛免職，由曾元福接替，但六月洪敏琛亦死于任內，清軍與戴軍又陷入膠著之中。
8月，丁曰健接任臺灣兵備道，並由滬尾（今臺北縣淡水鎮）登陸，重新佈置新的作戰方針。他命臺灣鎮守參將關鎮國由五汊港（今台中港前身）進攻，自己則於10月22日進駐竹塹城（今新竹市），並命張世英、羅冠英等人精選1000鄉勇駐守岸裡社，打算直接攻打四塊厝莊等戴軍活動核心地區。兩軍合力之下，清軍迅速掃大肚溪以北（今台中縣一帶）的戴軍村莊，並控制住大肚溪航運，11月28日圍攻彰化城。
另一方面，11月12日福甯鎮總兵林文察自安平登陸，11月20日抵達嘉義，懲勸當地兩百數十莊向清軍投降，並與與護理水師提督曾元福會師商議戰略。商討結果，他決定先疏通嘉義與彰化交界處的道路，然後再收復彰化，於是命白瑛、關鎮國合攻鬥六，請彰化知縣淩定國由寶鬥（今彰化北斗鎮）向南攻，而他本人與許忠標等部隊沿海向北作戰，直到麥寮與南下的林文明會師後再攻打彰化。
11月26日，林文察進駐麥寮。這時丁林兩軍已包圍彰化縣城，12月1日由曾玉明破城。之後，林文察進駐塗庫，與曾元福相約攻打鬥六，同時殲滅支持戴潮春的村莊三十多座，逐漸逼近鬥六城，但鬥六防禦堅固，難在短期內拿下。於是12月12日，林文察假意以援助彰化戰事為由，密令各軍各撤離城外，至1865年1月15日，僅留關鎮國數營於城下，並燃燒煙柴草煙火，令士兵作慌亂狀，而誘使城內敵軍開門襲擊，這時附近甘蔗田伏兵沖出襲擊，關鎮國等軍備後夾擊，成功大敗敵軍，收復鬥六城。1月18日，戴潮春在張三顯勸說下出面投降丁曰健，但因出言不遜，隨即被斬殺。
收復鬥六後，清軍開始掃蕩林日成、洪欉、陳弄與嚴辦等戴氏諸王強將。1864年12月，曾玉明迅速圍攻北勢楠莊，雙方展開激烈的攻防戰，其中清軍曾挖地道攻入，但不成功，只好以大炮猛烈炮轟，才攻陷該莊，洪欉則於期間戰死，其弟洪番被俘，當場被殺。1月19日，林文察率軍攻打四塊厝莊，經過一番激戰後仍未能進，最後搭建炮臺，以大炮連夜炮轟，才得以於1865年2月6日斬殺林日成，收復該地。5月，林文察與羅冠英圍攻小埔心，與陳弄展開炮戰，期間清軍死傷慘重，羅冠英也死於其中，但在羅冠英弟弟羅坑領導下，清軍持續猛攻，終使陳弄開莊投降，並被當場斬殺。同月，丁曰健派遣知縣白鸞卿、參將徐榮生等人率軍攻打於二重溝重新起事的嚴辦，嚴辦以伏兵擊退清軍，但清軍以優勢兵力圍攻，並以大炮轟擊指揮台，擊殺嚴辦，並押其妻侯氏回嘉義，以淩遲處死。至此，戴潮春事件宣告結束，清軍終於收復中臺灣，而曾雄據一方的戴氏政權則結束其四年多的統治。
此戰之後，中臺灣大士紳地主、土豪死傷殆盡，其留下之產業也被清廷以「叛產」之名充公，部分則以補償林文明墊付軍費為由交給霧峰林家。另一方面，霧峰林家因平定事件有功，得到全福建省（當時包含臺灣）的樟腦收購權，加上林文明攻略各莊與事後清點「叛產」和收「罰捐」（即與事者家人抵罪錢）時侵佔部分錢財土地，使林家頓時由地方土豪崛起，後為全臺灣五大家族之一。然而，此事件也重下林家與官府之間對立的種子，並激化與鄰近大族之間的仇恨關係，因而導致後來林文明被殺，林家一度失勢的局面。但由另一角度而言，戴潮春建立之政權也為臺灣清治時期中，最具政權性質的民變勢力。事件期間，戴潮春創作童謠，偽造符應，親自開耕，種種之舉皆模仿中國天子行為與天人感應說。因此有部分史家認為戴潮春是歷次民變中，最有政權意識的民變領袖。
1888施九緞事件
臺灣清治時期後期重大民變事件之一，也是臺灣建省以來規模最大的民變事件。事件起因為劉銘傳派淡水縣知縣李嘉棠前往彰化丈量土地時的官民糾紛，導致施九緞為首的縣民包圍縣城，全縣陷入失序狀態。之後由林朝棟指揮下，清軍順利平定事件，但該事件導致李嘉棠等大小官員被查辦，劉銘傳丈量工作也宣告失敗，不久離職下臺，臺灣建省後的新政宣告結束。
1888年，兼任福建巡撫與臺灣巡撫兩職的劉銘傳決定開拓財源，解決臺灣新政過度仰賴福建財政的問題，於是展開整理全台田賦帳冊的工作，一面以統一的新稅率取代過去複雜參差的舊有田稅，另外進行全台丈量土地工作，以查清過去隱匿未上報官府的開墾田地。
一開始丈量工作進行十分順利，臺灣北部的土地很快丈量完成，但在臺灣中部展開丈量工作時，彰化縣知縣蔡麟祥病死于任內，於是劉銘傳派淡水縣知縣李嘉棠完成工作。但李嘉堂進行丈量時不仔細評斷土地好壞，草草了事，加上鄰近的嘉義縣丈量進度不錯，獲得上級嘉獎，這令李嘉棠倍感急迫，便把兩名死刑犯釘死帶到西螺、北斗遊街，以威嚇鄉民，另外又捏報簡燦病故，然後將他釘死在鹿港大橋上。而簡燦卻被誤傳為徐貓振，導致其弟許得龍前來劫獄不成，回到鹿港搶劫鹽館，因而驚動縣府，令李嘉棠親自前去勘查。這時，鹿港與各地士紳連名攔路申訴，但未得解決，且李嘉棠回縣城後反而通告臺北事件危急，希望派兵支持，於是各地民怨四起，特別是浸水莊(今彰化縣埔鹽鄉新水村附近)因領取丈量單據者不多，對丈量工作十分抗拒，故民眾特別激憤。
10月5日，浸水莊的富農施九緞在鄉親的邀請下，出面主持公道，並以神靈請托為由，率領數百人打著「索焚帳單」的口號，插著「官激民變」的大旗前往縣城。由於施九緞口號響亮，且嚴禁群眾半路打劫，因此加入群眾越來越多，到達縣城時已經有數千人之多。這時城內的李嘉棠倍感驚恐，因此緊鎖縣城，併發電報北上求援，並下令各鄉團派兩百人前來支援，但因發報時錯打成兩人，加上通往縣城的道路都被包圍群眾封鎖，因此恐懼之虞，無人前往支持。不久圍城民眾剪斷電報線，全城與外界失去聯繫。
10月6日，武毅右營提督朱煥明接獲消息，從嘉義連夜趕來彰化支持。但經過大埔心（今彰化縣埔心鄉）時遭到襲擊，清兵死傷十用盡，而朱煥明擊殺十餘人後率隊撤往口莊竹尾巷（今彰化縣花壇鄉），但施九緞本人正在南瑤宮，附近一帶駐紮數千名起事民眾，而施本人
事件平定後，李嘉棠因丈量不公、激發民變而被查辦革職。而棟軍統帥林朝棟因最先解圍，獲賞黃袍馬褂，成為清代唯一以道員身分獲得此榮譽者。至於民變參與者與主要起事的燕霧二十四莊居民因林朝棟等人提議從寬處理，故僅由為首數人被官府補殺，免遭到屠滅的命運。至於事件首領施九緞則為民眾所掩護，自始至終未被官府捉到。不過，該事件也意味劉銘傳在臺灣中部的土地丈量工作宣告失敗，整個計畫被迫停止。臺灣省財政依然吃緊，在台的新政也在不久之後隨劉銘傳離職而結束。
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