本廟供奉之九天玄女娘娘歷史，上可追溯至清朝乾隆年間，由福建漳州吳姓祖先為求平安度過黑水溝，恭祈 九天玄女娘娘香火渡海來台，順利登陸後定居於雲林四湖，二百餘載來護佑其村莊興旺，家族安康，子孫順遂。
民國71年(壬戌年)恭朔 九天玄女尺六金尊兩尊，與家族奉祀之百年開臺 九天玄女娘娘聖駕，共享香煙。
民國73年(甲子年)本廟主事吳明昆道長叨承天命，受九天玄女娘娘旨意，以濟世度化萬德百姓為志業，恭請家族百年開臺九天玄女娘娘聖駕(信眾尊稱開臺媽) ，與九天玄女原始金尊兩尊(信眾尊稱開基大媽、開基二媽)起基建廟於雲林四湖鄉中山東路32號。
民國76年(丁卯年)遷居桃園市，建基“南天壇”(前殿) 。
民國108年1月14日，財團法人桃園市南天壇玉京聖殿第一屆第一次董、監事會議決議為配合成立財團法人由「南天壇玉京聖殿」更名為「財團法人桃園市南天壇玉京聖殿」，並依據章程選出第一屆董事長及第一屆常務監事，以使「財團法人桃園市南天壇玉京聖殿」財團法人制度化且永續經營。
推廣弘揚數千年的正統道教文化，使修道者對於「道」的精神、理念，得以延續傳承
廟宇為四層樓建築道教形式，共有十二個神殿。
宮殿入口
各層樓均有神明及護佑項目説明
一樓為代天府有太后廰，王爺廰，月老廰。
代天府太后廰供奉三位太后夫人
代天府王爺廰供奉五位千歲王爺
代天府月老廰供奉主掌姻緣的月老星君及和合二仙
月老左右兩位為和合二仙，下方三神為土地公
二樓為財祿宮有財神廰，道母廰，彌羅廰。
財祿宮財神廰供奉武財神玄壇元帥及文財神比干太師
財祿宮道母廰供奉九天玄姆
財祿宮彌羅廰供奉玉皇上帝
三樓文昌閣有大成廰，媽祖廰，文昌廰。
文昌閣大成廰供奉文昌帝君及至聖先師等陪祀
文昌閣媽祖廰供奉天上聖母媽祖及護法千里眼順風耳
文昌閣天醫廰供奉保生大帝及四位真人陪祀
五樓元辰殿有斗姥廰，北極廰，慈航廰。
元辰殿斗姥廰供奉斗姥元君及王母，地母，中墰元帥陪祀。
斗燈
元辰殿北極廰供奉玄天上帝及関聖帝君，孔明先師陪祀。
元辰殿慈航廰供奉觀音佛祖及濟公祖師，彌勒祖師陪祀。
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