COVID-19 變種病毒的種類：什麼是 SARS-CoV-2 病毒變異株？
SARS-CoV-2 病毒為 RNA 病毒，在複製的過程中容易發生突變而形成變異株(variants)，當 RNA 中的某些位點發生突變（包括取代或缺失）而改變原先對應的胺基酸時，就可能造成病毒蛋白結構的變化。整個 RNA 序列都可能發生突變，但又以棘蛋白(spike protein)基因上的突變最受關注。由於棘蛋白是病毒與人類細胞受體接合的部位，也是目前所使用的疫苗抗原，因此棘蛋白突變可能改變受體接合能力、影響疾病傳播力和致病力，以及疫苗和藥物效果。而若使用的分子診斷方法（如 PCR）是以棘蛋白基因序列為主要標的，突變亦可能影響其敏感性與特異性。
美國 CDC 及 WHO 依據這些變異對疾病表現與防治措施的影響，將變異株分為需留意變異株(Variants of Interest, VOI)、高關注變異株(Variants of Concern,VOC)、以及高衝擊變異株(Variant of High Consequence)。
需留意變異株(Variants of Interest, VOI)：
此類變異株，可能會因棘蛋白突變位點而影響抗體的中和能力，疾病傳播力和嚴重度及診斷工具。如 B.1.525、B.1.526、P.2 變異株。
最新列入的Lambda變種病毒
新冠肺炎肆虐全球，新的變種病毒也不斷出現。Lambda變種病毒於2020年8月時首度現蹤秘魯，當時稱為C.37或安第斯變種（Andean variant）。由於此變種病毒，自2021年4月以來，占秘魯確診個案81%，更在多達29國蔓延，主要導致南美洲染疫人數大增；因此世界衛生組織（WHO）6月15日已宣布，將其納入全球「需留意變異株（Variant of Interest）」。WHO依據Lambda變種病毒在智利大規模擴散的情形表示，該病毒的傳播力高於高關注變異株Alpha變種病毒，而與Gamma變種病毒相當。
高關注變異株(Variants of Concern, VOC)：
此類變異株，已有文獻證實具有因棘蛋白突變而降低抗體的中和能力、增加病毒傳播力及疾病嚴重度的特性、且可能影響現有診斷工具及造成疫苗保護力下降。這些變異株已在特定區域盛行，像是 B.1.1.7、B.1.351、P.1、B.1.427 及 B.1.429。由於此類變異株會影響疾病流行病學，需評估藥物、疫苗與公衛政策是否需修正（表）。
最新的變種病毒Delta+
新冠疫情襲捲全球，最初在印度發現的 Delta 變種病毒，成為現在傳染力最強的病毒株，目前擴散到 74 個國家，並佔英國新增病例 90%、美國新增病例 10%，專家擔心可能成為主流病毒株，現在印度政府又證實已經衍生出另一種變異體「Delta+」（Delta plus）」，又稱作為「AY.1」變體，並對印度中央藥品標準控制組織（CDSCO）剛批准使用的單株抗體雞尾酒療法（Monoclonal antibody）出現抗藥性。「Delta+」已在歐洲、美洲、亞洲國家陸續出現案例，目前包括美國、加拿大、德國、俄羅斯等至少 8 個國家都有發現「Delta+」蹤跡，有專家指出，雖然目前無法證實「Delta+」的嚴重程度，但發現「Delta+」的機率極低，所以還不是主要關注的變異體。
高衝擊變異株（Variant of High Consequence）：
此類變異株具有明顯降低現有疫苗保護力、與增加疾病嚴重度等特性，並影響診斷工具，對現有的預防及治療方式效果不好。目前尚無變異株被歸到此類。
早期流傳的八大病毒家族 ---新冠病毒的來源分析資料 來自https://futurecity.cw.com.tw/article/1403
2019年12月24日聖誕夜，第一株完成基因定序的新冠病毒公開在世人眼前，它來自武漢一位65歲的男性。至今，各國研究機構已上傳1萬2294株病毒，到全球最大病毒基因資料庫GISAID。全球學者都想靠它回答：新冠病毒到底從哪來？又要往哪去？今年2月以來，中國、英國學者陸續發表研究成果，但受限於病毒樣本不足，仍未對病毒「身世之謎」提出有說服力的答案。
哥倫比亞大學兼任教授，AI新創公司圖策智能（Graphen）執行長林清詠的研究結果：
3月，他以人工智慧畫出全球500株新冠病毒的演化途徑；4月，他進一步比對1.2萬多株基因定序後的病毒後，有兩大發現：
第一， 這1.2萬株病毒，約以「每週多一個能流傳的變異」的速度演化。以這個速度推算，第一個新冠肺炎病例可能出現在11月中、下旬。
第二， 病毒可依分布地分為8大類：始祖是所有病毒變異起點A（原始病毒），之後陸續演化出B、C、D、E、F、G、H。A與B早在12月底就出現，H直到2月19日才首度被發現。
B類：這些變異影響了各蛋白質，但這些變異在現有序列中並未再產生大規模傳播。
C類：S蛋白是病毒感染人類的關鍵，惟變異位點並不在與人體細胞膜受體（ACE2）結合趨勢（RBD）上，可能不影響感染強度。
D類：NSP3負責把病毒的各蛋白質剪開，影響被感染細胞的蛋白質。
E類：ORF8蛋白的功能尚待研究，NSP13可能是病毒用於展開RNA。
F類：這些變異影響了各蛋白質，不過現有序列中未再產生大規模傳播。
G類：N蛋白是用來保護病毒基因RNA的殻。
H類：ORF3的功能在於把宿主細胞膜戳破，讓在其中複製的病毒外傳。
A類：最接近蝙蝠的病毒，A只有兩個基因組，功能差別不大，還有三個共通點：
第一，都源自武漢。其中一株 (A1) 在武漢當地傳播，另一株 (A2) 可能在武漢封城前，四散到湖北、廣東、江西、山東、浙江等省份，台灣與澳洲也有零星案例。
第二，其他病毒皆以它們為中心往全球擴散，在演化樹上是幾乎所有病毒株的起點。A1是最先被定序公佈的病毒株，也是目前全球對新冠病毒研究的基準；A2則較接近蝙蝠和穿山甲身上的冠狀病毒基因。
第三，它們的基因最接近新冠病毒潛在原宿主——中國菊頭蝠。
B類：大本營在中國
由於2月後，中國幾乎不再上傳病毒株，資料庫中1.1萬多株病毒中，僅近400株來自中國，B佔了絕大多數。武漢一半以上病例來自B類，其餘則分佈在湖北、江西等，以及廣州、佛山、荊州、青島等城市，之後傳入亞洲各地。
C類：佔領歐陸
1月28日，德國慕尼黑採集到歐洲第一個案例，它來自武漢最大的病毒A類。它有許多變異的「親戚」，數週後陸續在歐洲各國現蹤：其中一支在2月20日後造成義大利北部大感染，米蘭的病毒更是全數來自此分支，最後擴散到整個歐陸，形成C類。
E類：加、美西流行禍首
1月19日，美國華盛頓州西雅圖採集到美國第一株新冠病毒，來自一位35歲男性。他剛從武漢拜訪家人回來，在4天發燒與咳嗽後，戴著口罩走進地方小診所。另一個西岸大州加州，則在1月底出現第一個案例。只不過在第一例出現後，病毒似乎銷聲匿跡了3週，直到2月20日前後才爆發大流行。
根據4月中的統計，每10萬人中，華盛頓州有155感染，加州則僅80人，比紐約州高達1,248人感染的數字低很多。這是否代表E類傳染力較弱？林清詠尚未從基因中找到證據；他認為，美東坐地鐵，容易傳染；美西開車，較能保持社交距離，「更關鍵的影響可能是通勤習慣。」
F類：西、韓、澳、中跨三洲
F類與E類系出武漢外散，且與蝙蝠和穿山甲最接近的A2病毒株同源。但E向東走，F卻流離四散，韓國、澳洲都有，西班牙還有45%的病毒來自此。
G類：歐陸跨海去南美
這個病毒幾乎涵蓋整片歐陸，包括葡萄牙、瑞士、捷克、俄羅斯、愛爾蘭、義大利、比利時、英國、荷蘭，還去到巴西，成為南美洲國家流行的起源，地區相當分散。
麻煩的是，G類不只有S蛋白變異，還有N蛋白的變異。由於英國最早傳出嗅味覺喪失案例，台灣的嗅味覺喪失案例也多有英國旅遊史；林清詠懷疑，N蛋白變異可能和造成嗅味覺喪失有關。他解釋，這段N蛋白變異會影響人體一個基因；這個基因若有變異，會造成肌肉萎縮，即一般熟知的漸凍人（ALS）。
隨著病毒擴散，德國、韓國也陸續出現嗅味覺喪失的案例。喪失嗅覺，可能是病毒攻擊鼻部的嗅覺細胞，也可能深入攻擊大腦的嗅球（即鼻腔嗅神經元與大腦嗅覺中樞的中繼站。）事實上，2008年便有論文指出「SARS會攻擊實驗鼠的嗅球」。
H類：法國越洋進美東，在美東擴散。
雖然1月底美國便禁止中國人入境，阻絕了來自中國的病毒；殊不知當時病毒已入侵歐洲，直到3月11日美國全面禁止入境，病毒都是悄悄繞過大西洋，從美國東岸登陸。
林清詠觀察，美東最大一株2月21日首度出現在法國北部，10天後登陸紐約；它高速自我繁延，紐約州高達86％病毒都是它的子孫。「我看到嚇一跳，『血統』好純！」林清詠解釋，當一個地區出現壓倒性病毒株，往往代表該病毒活動力強，一落地便快速席捲美東，恐也是造成美東確診人數遠高於美西的原因。
因此，美國許多媒體認為病毒來自歐洲，而非美國總統川普口中的「Chinese Virus」 。比對基因序後，林清詠認為公允的說法是「美國被歐亞夾攻」，前者佔美國總病毒數53%（H類），後者占28%（E類），只有中部數洲的災情比較輕微。
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