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發現臺灣系列的日本專家及其貢獻：

牧野富太郎與大渡忠太郎兩位日本植物學家，前來臺灣采集及調查植物。

日本帝國大學動物學者多田綱輔，來臺灣采集及研究動物類。

日本東京帝國大學人類學學者鳥居龍藏，5次來臺灣進行人類學調查。

日本學者田代安定，來臺灣擔任總督府技師，創辦恆春熱帶植物殖育場。

日本人類學者伊能嘉矩，來臺灣從事原住民生活習俗研究。

日本東京帝國大學學者福留喜之助，來臺灣任職總督府礦務課長，爲臺灣重要礦務學家，并完成臺灣全島油田調查。

日本農業學者島田彌市，來臺灣從事植物調查工作，并擔任農林課長。

日本農林學者佐佐木舜一，來臺灣擔任總督府熱帶植物事務所所長。

最著名的臺灣動物樣本采集及標本製作者菊池米太郎，博物館多數動物標本皆爲他所完成。

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最著名的臺灣原住民調查專家森丑之助，臺灣原住民的文物資料幾乎皆由他所完成。

已經證明爲絕跡動物的臺灣石虎標本。

以下爲博物館所保留的各種動物標本。

已經證明爲絕跡海洋哺乳動物的臺灣儒艮標本。

以山林爲家的學者菊池米太郎

臺灣昆蟲的研究先驅---日本學者素木得一，及其收集的昆蟲標本。

臺灣礦務的研究先驅---岡本要八郎，及其收集的石頭標本。

日本學者堀川安市來臺任職于本博物館，爲貝類采集專家，并完成發表許多博物館的著作。

1911年臺灣博物學會成立的貢獻。